때는 2049년, 장소는 서울특별시. 국가와 민족개념이 폐기된 세계는 유비쿼터스 환경을 완벽하게 구현한 특별시 체제로 재편됐고 인간과 사이보그, 로봇이 공존한다. 서울특별시 보안청 소속 은석범 검사와 남앨리스 형사는 뇌 스캔을 통해 범죄 당시 상황을 파악할 수 있는 첨단 뇌 과학기술을 활용해 수사 활동을 펼친다. 로봇방송국이 개국하고 로봇격투기대회 ‘배틀원’이 인기를 끄는 가운데 SAIST의 차세대로봇연구센터의 연구원 볼테르와 노민선, 격투로봇트레이너인 서사라는 ‘배틀원’에서 승리할 로봇 개발에 박차를 가하고 있다.
한편 ‘생태주의자’들은 로봇, 사이보그가 공존하는 특별시 체제와 기계문명을 거부하며 시대와 갈등을 빚는다. 대표적 생태주의자 손미주는 은 검사의 어머니로 모자 간에 갈등의 골이 깊다. 병에 걸린 어머니의 부탁으로 마지못해 로봇연구원 노민선과 소개팅을 하게 된 은 검사에게 살인사건 발생을 알리는 급한 연락이 오는데…. 다음 주부터 ‘눈먼 시계공’은 연쇄살인사건 전개로 본격 돌입한다.