国民养老金等62个政府管理的基金，其中相当多的基金管理不善，造成许多不应有的损失.有些基金超出经营范围与自己的业务毫不相关的旅馆业造成损失，或者得到金融部门的资金帮助列为接受资金支持的对象.一年的经营规模接近200兆元（相当于政府预算的二倍）的基金，如果这样受到损失，最终还是由国民的税收来承担，所以必须彻底改革监督体制和基金的整体管理.企划预算处29日向国务会议递交了由财政、金融、会计等由民间的专家组成的基金运营评估团，从今年2月至8月间对62家基金会进行的‘99年基金运营评估结果’报告书.
评估结果显示有些基金会：一、超越经营范围，参与其他事业二、重复和互相分利方式的资金供给三、管理缺乏科学性和低水平.例如，私立学校教职员养老基金经营饭店和七个会馆；勤劳福祉振兴基金会和军人福祉基金会经营休养所造成基金的损失.评估团认为，基金一般认为比起资金运用效率更注重社会效益，因此容易造成随意分派资金，从中谋私利的行为产生.譬如，文艺振兴基金会，经办858个项目投入514亿元，女性发展基金，经办13个项目投入二亿元.而且，中小企业创立基金，及振兴基金，情报化促进基金、产业基础基金等重复投资于某一企业，因而有可能造成资金的浪费；甚至勤劳福祉基金会，其审议基金运营情况的委员，则是属于该基金的勤劳福祉园区理事会的人员，其判断的客观性是有限度的.
尤其是大多数基金会没有明文规定的资产运营计划的情况下，对某一部门投入巨资，或短期投入为主，肯定要带来损失.政府准备进行基金会的整顿和合并，将基金会数量减少至55个，对不需要将决算结果报告给国会的20个基金会中10个基金会，在2003年整顿合并成为公共基金会.
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