수자원 개발 및 수량 관리 기능을 국토교통부에서 환경부로 이관시키겠다는 새 정부의 방침에 대해 찬반이 엇갈리고 있다. 현재 국회에 발의된 정부조직법 개정안이 통과되면 국토부의 수자원정책국, 4대강 홍수통제소, 5개 지방국토관리청 소속 하천관리부서, 한국수자원공사가 환경부로 이관된다.
물 관리 기능을 통합하면 우선 관리의 효율성이 증대될 수 있다. 신속한 의사 결정이 가능하고, 책임을 명확히 할 수 있다. 그동안 환경부에서는 생태하천 복원 사업을, 국토부에서는 치수 중심의 하천 정비 사업을 각각 진행하면서 과잉투자 논란이 있었다. 통합을 통해 이 같은 논란을 줄이고 국가예산을 효율적으로 쓸 수 있을 것이다.
반면 환경부로 수자원 개발 및 수량 관리 기능이 이관될 경우 수자원 관련 인프라 투자가 크게 줄어들 우려가 있다. 사회기반산업이 더욱 위축되고 해외 인프라 사업 진출에 있어서도 정부 지원 구조의 이원화가 걸림돌로 작용할 개연성이 크다. 또한 환경 문제에 치중하게 되면서 과도한 개발 규제가 이루어질 우려도 있다.
4대강의 보를 개방하는 것과 관련하여, 모내기에 필요한 물이 모자랄 것을 걱정하는 농민들과 녹조를 걱정하는 환경단체들 사이에 상당한 이견이 있다. 국토부가 맡아오던 수자원 개발 및 수량 관리 기능을 환경부로 이관하는 것은 국민들의 삶에 큰 영향을 끼칠 수밖에 없다. 물 관리 기능의 통합은 국민에게 가져올 득과 실을 중심으로 판단해야 옳을 것이다.
또 국토부와 환경부 간의 물 관리 통합이다 보니 농업용수를 관리하는 농림축산식품부는 빠져 있다. 이 때문에 진정한 의미에서의 물 관리 통합이라 할 수 없다. 행정조직의 기본 구성 원리는 견제와 균형이다. 물 분야 역시 규제와 수자원 확보 및 산업 육성 기능을 분리시키는 것이 일반적 행정구조에 맞는 형태일 수 있다. 국무총리 또는 대통령 직속으로 조정위원회를 구성하거나 독립기구를 설립하는 것도 대안이 될 수 있다. 중요한 것은 물 부족 국가로 지목된 우리나라의 수자원 공급 계획에 차질이 발생하지 않도록 대책을 마련하고 실행에 옮기는 것이다.
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