각 정당 정책연구소에 배분하는 국고보조금은 대체로 의석수와 득표수에 비례한다. 자연스레 연구소들 간의 운영 현실은 ‘부익부 빈익빈’이기 마련이다.
각 정당 연구소의 인건비를 단순 인원으로 나눌 경우 평균 연봉은 여의도연구소가 5794만 원으로 가장 많았고, 민주정책연구원이 4825만 원으로 뒤를 이었다. 반면 나머지 군소 정당 연구소 직원의 연봉은 대체로 2500만∼3000만 원이었다.
여타 연구소 직원은 매달 받는 월급에 명절 때 보너스를 받는 정도였지만 여의도연구소 직원의 경우 본봉 외에 식대, 급식지원비, 자기개발비, 연구활동격려금 등 수당 항목이 다양했다.
사무실의 임차료도 차이가 컸다. 서울 여의도에 위치한 여의도연구소의 사무실 임차료는 매달 2000만∼2700만 원 선이었다. 영등포에 위치한 민주정책연구원의 사무실 임차료는 700여 만 원이었고 관악구 봉천동에 위치한 새세상연구소와 여의도에 위치한 참여정책연구원의 사무실 임차료는 각각 264만 원, 80만 원이었다.
연구소 간부 업무추진비의 경우 민주정책연구원은 원장 400만 원, 민주아카데미원장 300만 원, 정책부원장 100만 원이었고, 여의도연구소는 이사장과 소장 각 200만 원, 부소장 각 100만 원이었다. 군소 정당 연구소의 경우 소장도 업무추진비가 없는 경우가 많았다.
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