법인세 올리고 R&D 세액공제는 축소… 대기업 이중고

[내년 예산 428조8000억]증가분 공제율 30%→ 25% 하향
당기분 공제도 1%P씩 줄어들어… 기업들 “4차산업 투자동력 떨어져”
중소-중견기업 감면 혜택은 늘어

내년부터 대기업의 연구개발(R&D) 세액공제율이 하향 조정됨에 따라 법인세율 인상과 더불어 기업들에 이중 부담을 지게 하는 것이 아니냐는 논란이 나오고 있다. 특히 매출 대비 R&D 비중을 꾸준히 늘려온 연구개발 중심 기업들이 상대적으로 더 불이익을 받는다는 점에서 정부가 기존의 ‘R&D 장려 기조’를 철회했다는 불만의 목소리도 나온다.

5일 국회가 대기업 R&D 비용 세액공제율 조정 관련 조세특례제한법 개정안 등 10개 세법개정안을 의결함에 따라 내년부터 대기업의 일반 R&D 비용(증가분)에 대한 세액공제율은 30%에서 25%로 축소된다. 당기분은 세액공제율이 기존 1∼3%에서 0∼2%로 줄어든다.

기업들은 당기분 또는 증가분 중 선택해 세액공제를 받을 수 있는데 일반적으로 공제 비율이 높은 증가분 기준보다는 당기분을 선호하는 경향이 있기 때문에 실질적인 세액공제 혜택은 더 줄어들 가능성이 높다.

내년부터 2019년 말까지 생산성 향상 및 안전시설 설비 투자에 대한 세액공제 혜택도 대기업의 경우 현행 3%에서 1%로 2%포인트 줄어든다. 또 해당 과세연도의 수입 금액에서 일반 연구·인력개발비가 차지하는 비율과 상관없이 무조건 1% 공제해줬던 것을 폐지했다. 삼성전자의 경우 지난해 기준 12조8000억 원 가운데 1%인 1280억 원을 세제 지원을 받지 못하게 된다. 기획재정부에 따르면 R&D 세액공제 축소 및 설비투자 세액공제 축소안의 영향으로 기업들이 추가로 짊어져야 하는 세 부담은 5500억 원에 육박한다.

한 대기업 관계자는 “세계적으로 4차 산업혁명이 한창인데 R&D에 대한 투자를 줄이면 그만큼 미래 먹을거리 투자에 대한 투자 동력이 떨어질 수밖에 없다”며 “그동안 국가 차원에서 R&D를 장려하기 위해 R&D 투자금 일부를 공제해준 취지를 해치는 방향”이라고 했다.

실제 국세청에 따르면 최근 5년간 전체 법인세 신고 기업의 R&D 투자 공제율은 2012년 10.9%에서 지난해 7.0%로 하락했다. 과표 2000억 원 이상 기업의 공제 감면 총액은 2012년 3조4000억 원에서 지난해 2조3000억 원으로 1조 원 이상 줄었다. 이 가운데 61%(6241억 원)가 R&D 공제 축소분이었다.

반면 중소·중견기업에 대한 조세 감면 혜택은 늘어났다. 정부안에는 중소기업의 신성장동력·원천기술 R&D 비용 세액공제율을 30%에서 30∼40%로 인상하는 내용만 담겼지만 국회에서는 코스닥 상장 중견기업의 신성장 R&D 세액공제율 인상(25∼40%) 조항을 끼워 넣었다.

김지현 jhk85@donga.com·김성규 기자