화학 및 의화학과는 2007년 특성화 학과로 지정됐다. 기존 화학과가 의화학과 연계되면서 이름이 바뀌었다. 신소재, 신약 개발 등에 필요한 나노기술과 생명공학기술을 육성하는 데 의화학과의 융합이 필요하다는 판단에서다. 의화학은 화학을 응용해 의료기술을 개발하는 학문이다. 2006년 교육부에서 주관하는 2단계 두뇌한국(BK)21 사업에 선정돼 7년 동안 매년 2억 원을 지원받고 있고, 올해는 세계수준연구중심대학(WCU) 사업에 선정됐다. KCC와 협약을 맺고 졸업과 동시에 취업할 수 있는 산학 연계 프로그램을 운영하며 장학금을 지원받고 있다.
1979년 개설된 의공학부 역시 특성화 학부다. 공학기술로 첨단의료기기 개발을 연구하는 전공이다. 2006년에는 2단계 BK21사업에 이 학부의 의료공학신기술 사업단이 선정됐고, 2004년에는 누리사업(지방대학혁신역량강화사업·NURI)에 선정돼 5년간 183억 원을 지원받았다. 재활공학 연구센터, 첨단의료기기 기술혁신센터 등을 연구시설도 갖췄다. 해외 대학 연수 프로그램, 방학 중 영어 집중 강좌 프로그램도 운영한다.
디자인예술학부는 디자인을 응용학문으로 육성하는 데 중점을 두고 있다. 산업디자인학과는 의공학과 연계한 의료기기 디자인 연구가 활발하다. 원주의 첨단의료기기 생산업체와도 폭넓은 산학협력을 하고 있다. 지난해 설립된 디지털아트 전공은 디지털 미디어 기술을 바탕으로 과학, 인문학, 예술 등을 디자인과 융합하는 분야다. 디지털 콘텐츠 등을 제작하는 실무를 배울 수 있다. 시각디자인 전공은 산학 연계 프로그램을 바탕으로 실무 중심의 교육과 국제 교류를 통한 디자인 전문가 양성을 목표로 한다.
동아시아국제학부는 21세기 동아시아 시대에 대비한 국제전문가를 배출하기 위해 2008년 신설됐다. 모든 강의를 영어로 진행하며 전임 교수의 80% 이상이 외국인이다. 동아시아 언어 가운데 1개 이상을 제2외국어로 이수해야 졸업할 수 있다. 해외 교환학생 및 동아시아 현지 인턴 프로그램도 개설했다. 정원도 처음 신설시 25명에서 40명으로 늘어났다.
2002년 4년제 대학으로는 처음 개설된 패키징학과도 연세대 원주캠퍼스가 자랑하는 학과다. 패키징학이란 전자제품, 의약품 등을 잘 보호하고 포장해 잘 팔리게 하는 방안을 연구하는 학문. 미 경제전문지 포브스가 1989년부터 독립된 산업군으로 분류한 바 있다. 기초과학을 바탕으로 공학, 디자인, 마케팅, 사회심리학 등을 같이 공부해야 하기 때문에 복합응용 학문으로 주목받고 있다. 미국 미시간주립대, 클렘슨대 등과 교류협력 관계를 맺어 국제교류에도 앞장서고 있다.
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