건국대는 전통적으로 수의학, 생명공학, 부동산, 법학, 경영, 항공우주, IT 정보통신, 예술 디자인 분야에서 강했다. 이를 바탕으로 융복합 지식경제 시대에 맞는 창의적 인재를 육성하기 위해 새로운 전공을 잇달아 개설하고 있다. 2010년에는 문화콘텐츠학과와 신산업융합학과, 2011년에는 중국통상비즈니스전공과 동화미디어콘텐츠학과 등을 만들었다.
2013학년도에는 서울캠퍼스에 획기적인 5개 융합 학과를 신설하기로 하고 이번 입시부터 신입생을 모집한다. 동물생명과학대학에 신설되는 바이오산업공학과는 생명공학 등 자연과학과 경제·경영 등 사회과학적 지식을 결합한 융합학과다. 생산 가공 유통 소비에 이르는 바이오산업시스템을 과학적으로 설계하고 운영할 전문인력 양성을 목표로 한다.
생명환경과학대학에 신설된 생명자원식품공학과는 생명자원과 식품 분야의 융합연구를 통해 관련 분야의 최고 전문가가 되도록 교육할 계획이다.
보건환경과학과는 생명과 환경, 보건을 유기적으로 융합한 교육과정과 국제협력을 통해 국제적인 보건환경 전문가를 육성한다. 녹지환경계획학과는 취업스튜디오를 운영해 맞춤형 진로지도를 하고, 환경계획분야 국가자격증 준비반도 운영할 계획이다. 유기나노시스템공학과는 기초과학과 공학 및 첨단기술을 기반으로 다양한 형태의 소재와 생산 공정을 기획, 설계하고 이를 제품화할 수 있는 공학 인재를 양성한다.
학사구조를 개편해 6개 단과대학의 명칭을 변경한 충주 글로컬캠퍼스에는 5개 학과가 생긴다. 경찰학과는 수준 높은 어학능력과 정보화능력을 갖춘 경찰행정 전문가를 양성한다. 인근 국립중앙경찰학교와의 연계교육 인프라를 갖출 예정이다.
다이나믹미디어학과는 3대 디지털 환경(인터넷, 모바일 커뮤니케이션, 디지털 컨버전스)과 관련된 문화콘텐츠 전문 인력을 키운다.
국내 유일의 관세물류전공은 세계무역기구(WTO)와 자유무역협정(FTA)으로 대변되는 시대에 적합한 인재 양성을 목표로 하는 특화 전공이다. 학제 간 융합으로 통합 디자이너를 양성하는 영상디자인전공과 영미 사회문화에 대한 이해를 기반으로 글로벌 인재를 키우는 영어학과도 생긴다.
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