“종부세 일부 이중과세… 돌려줘야”

대법 “국세청, 2009년 이후 재산세와 겹쳐 부과”… 환급대란 가능성
25개社 180억 반환訴 원심파기 환송… 수천억원 환급 소송 이어질듯

국세청이 2009년 이후 징수한 종합부동산세(종부세) 중 일부가 재산세와 겹쳐 이중과세에 해당하므로 돌려줘야 한다는 대법원 판결이 나왔다. 1, 2심마다 각기 다른 판단을 내려 혼란을 겪었던 종부세와 재산세 이중과세 논란이 일단락되면서 종부세 일부를 환급해 달라는 소송이 잇따를 것으로 전망된다.

대법원 1부(주심 고영한 대법관)는 KT와 우리은행, 한국전력 등 25개 기업이 각 관할 세무서를 상대로 낸 종부세 부과처분 취소소송에서 원고 패소 판결한 원심을 깨고 사건을 서울고법으로 돌려보냈다고 12일 밝혔다.

이 기업들은 일부 동일한 부동산에 대해 지방세인 재산세와 국세인 종부세를 동시에 부과하는 국세청 과세 방식으로 2009년분 종부세가 180억여 원 더 부과됐다며 이를 돌려 달라는 소송을 2010년 냈다.

2005년 생긴 종부세는 일정 기준금액을 초과하는 부동산을 보유한 사람이나 법인에 재산세와 별도로 부과하는 세금이라 이중과세를 방지해왔다. 예를 들어 공시가 10억 원(1가구 1주택 기준)의 주택을 갖고 있으면 종부세 주택 과세기준인 9억 원을 초과하는 1억 원에 대해 종부세를 매기고, 1억 원에 상응하는 주민세 과세표준을 공제해주는 식이다.

문제는 국세청이 2009년부터 납세 부담을 탄력적으로 조정하기 위해 세금별로 과세표준을 일정 수준 범위에서 법으로 변동을 주는 공정시장가액비율제도(현행 종부세 80%, 재산세 70%)를 도입해 종부세 산정 방식을 바꾸면서 불거졌다. 바뀐 제도대로라면 위 사례에는 1억 원의 80%에 해당하는 8000만 원을 종부세 과세표준으로 삼아 종부세를 산정하고, 주민세 공제액에도 종부세 공정시장가액비율을 적용해 기존보다 80%로 줄게 된다. 이전에는 1억 원에 해당하는 주민세를 내면 같은 금액을 돌려받았지만 이젠 8000만 원에 대한 주민세만 돌려받아 이중과세라는 게 소송을 낸 기업의 논리였다.

1심은 기업 주장을 인정해 차액을 돌려주라고 판결했지만 2심 판결은 달랐다. 위 사례대로면 바뀐 제도는 종부세 부과대상인 1억 원 중 8000만 원에 대한 종부세만 내고 나머지 2000만 원에는 종부세를 부과하지 않았으니 이중과세가 아니라는 판단이었다. 반면 대법원은 주민세 공제액을 산정할 때 주민세 공정시장가액비율(현행 70%)을 이미 반영했는데 종부세 공정시장가액비율(현행 80%)을 재차 곱하는 현행 과세방식은 과세기준 초과금액에 부과된 재산세 일부를 공제하지 못하는 한계가 있다고 판단했다.

이번 판결로 종부세의 70%를 내는 기업들의 환급 소송이 빗발칠 가능성도 제기된다. 국세청이 2009년 이후 거둔 종부세 중 이중과세 대상 금액이 수천억 원에 이른다는 추산도 나온다. 국세청이 종부세를 부과 고지한 납세자는 고지서를 받은 지 90일 안에, 자진신고자는 납부한 지 3년 안에 이의를 제기해야 환급받을 권리가 생긴다.

조동주 djc@donga.com·이상훈 기자