동아스포츠대상은 종목별 올해의 선수 선정 과정에 해당 종목 선수들의 의사가 직접 반영되는 방식으로 진행돼왔다. 국내서는 동아스포츠대상만이 유일하게 이 같은 방식을 도입했다. 선수들이 뽑은 최고의 선수에게 주어지는 상이라는 점에서 큰 의미가 있다.
종목별 올해의 선수 후보 선정과 투표인단 선정, 투표방식 등은 각 프로 종목을 운영하는 경기단체의 운영 및 홍보 책임자로 구성된 동아스포츠대상 운영위원회에서 제시한 기준에 따라 결정된다. 해당 시즌에 좋은 성적을 거둔 선수들을 중심으로 올해의 선수 후보를 선정했다. 그러나 투표인단으로 참여한 선수들의 의사가 최대한 반영되도록 후보 명단에 없는 선수들에게도 투표할 수 있도록 했다. 투표인단을 선정하는 기준도 공정성을 기하기 위해 해당 시즌 팀 내서 부문별로 성적이 좋은 선수들을 중심으로 구성했다. 예를 들면 프로야구는 8개 구단별로 팀 주장, 최다승, 최다투구이닝, 최다홈런, 최고타율을 기록한 선수들에게 투표권을 부여했다.
국내 프로스포츠의 활성화를 위해 올해의 선수 후보에선 외국인선수와 해외파 선수들은 제외했다. 또 프로스포츠를 대상으로 하기 때문에 각종 국제대회에서 두각을 나타낸 선수들은 후보 명단에 포함되지 못하는 사례도 있었다. 예를 들어 2012년 런던올림픽에서 축구대표팀이 사상 첫 동메달을 획득했지만 당시 활약했던 주축 선수들은 프로축구 올해의 선수상 후보가 되지 못했다.
아울러 투표인단에 포함된 선수는 자신이 속한 구단의 선수를 제외하고 3명을 1·2·3순위로 구분해 투표했다. 1위 5점, 2위 3점, 3위 1점 등으로 가중치를 부여해 점수를 합산해 가장 높은 점수를 획득한 선수가 올해의 선수상의 주인공이 됐다.