지금 작고 효율적인 정부를 만든다는 목표아래 새 정부 인수팀을 중심으로 정부조직의 전면적인 개편작업이 일어나고 있다. 현재 시점에서 이러한 작업은 필요불가결하다고 생각한다. 아울러 연구개발(R&D)분야도 통폐합해야 한다는 등의 전면적인 개편논의가 제기되고 있다. 필자는 이와 관련해 우리나라 과학기술 발전, 특히 R&D 능력의 극대화라는 관점에서 한가지 제안을 하고자 한다. ▼ 산하기관 개념 없어져야 ▼ 과거 R&D분야의 효율화 문제가 제기될 때마다 수 없이 반복되었던 것이 바로 출연기관들의 통폐합 또는 소관부처의 이관 등이다. 이것은 일견 보기에는 대단한 개혁작업인 것처럼 보이기도 하지만 실제로는 꼭 성공적이지도 않을 뿐만 아니라 항상 반복되는 대증요법일 뿐이며 그 과정에서 상실되는 연구능력의 소모는 막대한 것이었다. 필자가 여기서 제안하고자 하는 것은 출연 연구기관의 구조조정을 과거와 같은 인위적인 방식 대신에 시장기능에 의한 자동조절 방식을 택하자는 것이다. 이를 위해서는 무엇보다 출연 연구기관에 대한 ‘소관부처 또는 산하기관’이라는 개념을 없앨 필요가 있다. ‘산하기관’이라고 할 때 기본적으로는 자율성을 전제로 안정적이고 독점적인 연구비를 확보할 수 있음을 뜻한다. 연구기관은 법인격을 가진 어엿한 인격체로서 자율경영을 하도록 되어 있으나 실제로는 정부에 의하여 많은 부분이 관리 통제되고 있다. 연구기관에 있어서 ‘자율성’만큼 중요한 것은 없다. 그러나 ‘자율성’은 그 기관의 존립 자체까지 자율에 맡긴다는 무서운 책임도 주어져야 한다. 소관부처에 의하여 거의 독점적으로 주어지는 예산은 출연기관으로 하여금 스스로 시장의 요구에 따라 변신하는 자동장치를 없애버린 꼴이 되어 그 기관의 현재 능력과 시장의 요구 사이에 질적 양적으로 큰 간격이 생기게 만든다. 만약 정부 각 부처가 자신의 정책 목표를 달성하기 위하여 R&D 예산을 확보한 후 모든 연구기관을 상대로 프로젝트별 계약을 체결한다면 각 연구기관은 시장의 환경변화를 미리 감지해 스스로 연구능력의 변화를 꾀하여 갈 것이다. 오늘날 기술은 무섭게 변하고 있기 때문에 어제의 연구소가 오늘도 같은 내용을 갖고 있다면 도태될 수 밖에 없을 것이다. 각종 연구기관의 소관부처 개념을 없앨 경우 제기될 수 있는 의문은 누가 주요 인사문제 특히 연구소장을 임명하며, 누가 이사회를 구성하며, 누가 주요 결정사항에 대하여 감독할 것인가 하는 것 등이다. 그러나 이러한 문제야말로 이제 정부는 일절 관여하지 말아야 할 사항들이다. 정부는 최초 설립시 출연자로서의 역할을 한뒤 그 이후의 모든 문제는 이사회에 맡겨야 한다. ‘소관부처 개념 철폐’는 말처럼 쉽게 이루어질 수 있는 것은 아니다. 우리나라는 아직 이사회의 독자적 기능이 제대로 수행되지 않고 있는 것이 일반적이다. 따라서 이같은 획기적 개혁은 통치자의 강한 의지가 있을 경우에만 가능풉만