(1) BK21 과학기술-기타분야 선정과정의 부정행위

BK21 기획조정위원회의 기준에 의하면 애당초 과학기술-'기타'분야에선 국내선정분과위원회 심사결과에 의거 2개 이내의 대학을 선정하게 되어 있었다.

그러나 김덕중 씨가 교육부장관에 취임한 직후 원래 기준을 변경하여 당락의 평가점수 차이가 5% 이내인 경우에는 해외자문단의 의견을 반영하기로 하고, 선정 대상도 5개 대학으로 했다.

그런데 이 분야의 해외자문단의 평가는 미국 아이오대 박준부 박사 혼자서 하였는데, 박 박사는 아주대 분자과학기술사업단 소속팀장으로 평가자로서 자격이 없는 상태였다.

이에 따라 국내선정분과위원회의 평가 4위였던 아주대가 해외자문단 평가 2위로 부상하였고, 아주대는 지원대상 대학에 선정되었다.

그리고 국내 평가 2, 3위 대학들의 반발이 예상되자 당초 2개 이내로 선정하기로 한 것을 변경해 5개 대학으로 늘렸다.

이 과정에서 서울대의 지구과학, 수학, 사회기반건설기술 등 3개 사업단이 무경쟁으로 선정되자 당시 대학가에서는 교육부에 대한 불신과 의혹을 일으키게 되었다.

(2) 과학기술-물리분야 선정과정의 부정행위

과학기술 물리분야 선정 시, 국내선정분과위원회의 심사결과에 의하면 연세대가 4위, KAIST-고려대가 2위로 평가됐으나 해외자문단 평가를 앞세워(연세대 2위, KAIST-고려대 4위) KAIST-고려대 대신 연세대가 사업대상에 선정되었다.

그러나 이는 당초 해외자문단의 평가는 자문차원에 그치기로 한 선정기준을 변경, 해외자문단의 평가를 우선 적용하여 국내심사 2위로 평가된 KAIST-고려대를 탈락시킨 결과로 부당한 것이다.

특히 당시 해외자문단의 심사는 자문차원에서 이루어진 것으로 구두평가에 따른 평가순위만 있을 뿐 구체적인 평점이 있을 수 없었음에도 불구하고 마치 구체적인 평가가 이루어진 것처럼 보고하였고, 99년 국정감사시 안상수, 김정숙 의원 등이 해외자문단 심사평가의 구체적 내용을 요구하자 사후적으로 해외자문단의 세부심사집계표를 위조하여 제출했다가 단순점수합계 오류가 밝혀져 점수조작 사실이 드러났다.

(3) BK21 추가핵심분야 선정의 부정행위

당초 BK21사업 특화분야에서 탈락되었던 홍익대가 추가핵심분야 사업단 선정결과에서도 재탈락되자 김 전 장관이 선정할 것을 지시함에 따라 심사문서를 위조하여 선정되게 했다.

동 비위행위들은 김 모 교육부 담당과장과 한 모 학술진흥재단 사무총장의 주도 아래 실무자들의 반대와 이의제기를 묵살하며 강행되었다.