국세청의 세무조사 결과가 발표된 후 대부분 해당 언론사가 불복의사를 밝힘에 따라 이의신청 절차에 관심이 모아지고 있다. 23개 언론사는 각사 상황에 따라 다른 이의신청의 길을 밟을 것으로 보인다.
통상적으로 세무조사를 받은 개인이나 법인의 불복청구절차는 △과세전(前) 적부심 △국세심판원 심판청구, 국세청장이나 감사원에 심사청구 등 세 가지 중 택일(보통 국세심판원에 심판청구) △행정소송 등의 과정을 밟는다.
그러나 조세범칙사건의 경우 과세전 적부심사를 청구할 수 없게 규정돼 있다. 따라서 국세청이 조세범 처벌법 위반혐의로 검찰에 고발한 동아 조선일보 등 6개사는 곧바로 국세심판원에 심판을 청구해야 한다. 국세심판원을 거치지 않고 행정소송을 제기할 수는 없다.
검찰에 고발되지 않은 17개 언론사중 일부도 과세전 적부심사를 건너뛰어 국세심판원에 심판을 청구할 가능성이 있다. 과세전 적부심사위원회가 순수한 조세사건이 아닌 경우 납세자의 항변을 받아들일 수 없는 구조이기 때문이다.
과세전 적부심사위원회는 관할 지방국세청장, 납세지원국장, 세원관리국장, 조사국장 중 1명 등 내부위원 4명과 시민단체 등에서 추천한 세무사 공인회계사 변호사 대학교수 등 외부위원 4명 등 8명으로 구성된다. 위원회에 청구된 심사건은 다수결로 결정되지만 4 대 4로 맞서면 납세자의 이의신청은 기각된다.
그러나 이번 언론사 세무조사는 국세청출신 내부위원들이 납세자의 항변을 받아들이기 어려운 성격을 갖고 있다. 만약 세법적용이 잘못됐다는 결론이 나오면 국세청이 세무조사의 정당성과 형평성 등을 스스로 부정해야 하기 때문이다. 실제로 지금까지 정치적인 의도가 있다고 판단되는 사건의 경우 납세자들은 국세심판원에 바로 심판청구를 해왔다.
국세심판원은 5명의 내부위원과 변호사 공인회계사 등 16명의 외부전문가로 구성되며 심판청구가 들어오면 건별로 내부위원 2명, 외부위원 2명 등 4명으로 심판부가 구성된다. 과세전 적부심과 달리 국세심판원의 결정은 심판관들의 의견이 가부동수일 경우 다수결이 될 때까지 유보된다.
각 언론사가 심판을 청구할 경우 국세심판원은 각 언론사 사안별로 심판부가 구성된다. 심판관들끼리 내부조율을 거치므로 각 심판부가 서로 모순되는 결정을 내리는 일은 거의 없다. 국세심판원의 결정은 과세전 적부심보다 상급심이므로 과세전적부심의 결정을 뒤집을 수 있다.
또 국세심판원의 결정에 불복할 경우에는 행정소송을 제기할 수 있어 대법원까지 갈 경우 최종 추징액이 결정되려면 2년 이상 걸린다.
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