행정자치부의 ‘중앙행정기관 등의 이전 계획’에 따르면 행정중심도시로 이전하는 기관은 국무총리를 비롯해 모두 49개 기관이며 주요 기관은 국무총리, 12부, 4처, 2청이다.
이전 기관들의 직무 범위는 경제, 복지, 문화 분야에 한정돼 있고 한국은행, 금융감독위원회 등 금융정책 결정 기관은 제외됐다. 또 정부 주요 정책은 여전히 국무회의 심의를 거쳐 대통령이 최종 결정하게 된다.
정보기술이 발달한 현대사회에서 공간의 의미는 점차 축소되고 거리상 떨어진 곳에 있어도 대통령이 통제력을 확보하는 것은 어렵지 않다.
특히 국가 상징으로서 수도의 기능은 오랜 세월에 걸쳐 역사와 문화적인 요소가 결합되어 형성되는 것으로 짧은 기간에 인위적으로 만들어낼 수 있는 것이 아니다.
행정중심도시가 건설된다고 해도 국회와 대통령 등 주요 기관은 여전히 서울에 남아 있다. 또 이를 통하여 국가의 대내외 정책에 관한 최종적인 의사결정권을 행사하여 국가 전체를 조직하거나 통제할 수 있으므로 서울은 여전히 정치 행정의 중추기능을 수행할 수 있다.
또 대법원과 헌법재판소가 여전히 서울에 있어 사법기능의 핵심이 이곳에서 이뤄지기도 한다.
즉, 행정중심도시가 건설된다고 해도 서울의 수도로서 기능이 해체된다거나 수도가 분할된다고는 볼 수 없다.
이에 따라 이 사건 법률은 수도가 서울이라는 관습헌법에 위배되지 않으며 헌법상 대통령제 권력구조에 어떤 변화가 있는 것도 아니므로 헌법 제130조 2항이 규정한 청구인들의 국민투표권 침해 가능성은 인정되지 않는다.
또 특정 국가정책에 대해 다수의 국민이 국민투표를 원하더라도 대통령이 이를 국민투표에 회부하지 않는 것을 위헌이라고 볼 수 없다. 아울러 국민에게 특정 국가정책에 관하여 국민투표를 요구할 권리가 있다고 인정하기도 어렵다.