버스준공영제 도입 이후 8000억 원이 넘는 서울시 예산이 버스업체의 적자 보전에 지원된 것으로 나타났다. 서울시가 국회 행정안전위원회 민주당 이윤석 의원에게 제출한 자료에 따르면 2007년 1636억 원으로 시작한 적자 보전은 2008년 1894억 원, 지난해 2900억 원으로 크게 늘었다. 올해는 1900억 원으로 4년간 총액은 8330억 원에 이른다. 연평균 2083억 원 수준이다. 서울시는 버스운송사업조합과 협의해 만든 ‘표준운송원가’에 따라 매월 발생하는 적자(총비용에서 총수입을 뺀 금액)를 지원하고 있다.