경기도 수원 광교테크노밸리에 있는 융기원은 서울대 융합과학기술대학원(융대원)과 같은 건물을 쓰고 있으며 지금까지 한 사람이 두 기관의 장을 겸직해왔다.
두 기관이 별도의 조직이기 때문에 안 원장이 융기원장직을 사임하더라도 서울대 교수직과 융대원장직은 그대로 유지된다.
2008년 문을 연 융기원은 산하에 정보기술(IT), 생명공학기술(BT) 등 6개 분야에 걸쳐 연구소를 두고 있으며 융합을 통한 차세대 성장동력을 연구하고 있다.
경기도는 시설 건립을 위해 1425억원을 지원했으며 매년 도비 35억원을 연구비로 지원해왔다.
서울대 일각에서는 융기원을 꾸려나가는 데 있어 경기도의 지원이 절대적인 상황에서 박원순 서울시장의 지원에 나선 안 원장이 부담을 느꼈기 때문일 것이라는 해석이 나온다.
앞서 경기도의회 한나라당 소속 의원들은 선거를 이틀 앞둔 24일 안 원장이 박 시장의 지원에 나선 데 대해 "안 원장이 정치에 계속 개입한다면 융기원에 대한 예산지원을 전면 중단할 것"이라고 경고한 바 있다.