김 원장은 23일 통일연구원 홈페이지에 게재한 ‘한일 외교전쟁 조속히 매듭지어야’라는 글에서 일본을 “징그러울 정도로 몰염치한 나라”라고 비난하면서도 “일본은 가까운 이웃이자 우방이며 미래를 함께 열어가야 할 동반자”라고 규정했다.
이어 일본의 과거사 문제 사죄를 전제로 “일본이 독도 육지와 인접 영해에 대한 한국의 영유권을 인정하는 대신 주변 해양 및 해저자원은 양국이 공유하는 방식을 협상할 수 있다”며 “그런 원칙에 따라 배타적경제수역(EEZ) 확정 협상도 가능하다”고 밝혔다. 또 “바다 명칭을 두고 ‘동해’ ‘일본해’로 싸울 게 아니라 보다 중립적인 명칭, 예를 들어 ‘창해(滄海)’ 같은 것을 검토해 볼 수 있다”고 제안했다. 이런 김 원장 주장에 대해 ‘사실상 독도에 대한 주권을 공유하자는 것 아니냐’는 비판이 나오고 있다. 김 원장은 이 글에 대한 논란이 일자 이날 저녁 홈페이지에서 글을 삭제했다.