이 대표는 14일 자신의 트위터에 "2차장 사퇴로 마무리?"라고 의문을 제기하며 이같이 말했다.
앞서 서울시 공무원간첩 증거조작 사건을 수사한 서울중앙지검 수사팀(팀장 윤갑근 검사장)이 이날 국정원 대공수사국 이모 처장(54·3급) 등 국정원 직원 4명을 기소하고, 1명을 시한부 기소중지하는 내용의 최종 수사결과를 발표했다. 이에 지휘라인에 있었던 서천호 국가정보원 2차장(53)은 같은 날 이 사건에 대한 책임을 지고 사의를 표명했고, 박근혜 대통령은 즉각 사표를 수리했다. 대공수사국을 지휘하는 서 차장을 사퇴시키는 선에서 이번 사태를 매듭짓고 남 원장은 교체하지 않겠다는 뜻으로 풀이된다.
남 원장은 15일 대국민 사과문을 발표했다. 남 원장은 "있을 수 없는 일이 벌어진 것에 대해 국정원장으로서 참담하고 책임을 통감한다"면서 "국정원은 이를 계기로 그동안의 수사 관행을 점검하고 과거의 잘못된 관행을 뿌리 뽑아 다시는 이런 일이 반복되지 않도록 뼈를 깍는 개혁을 추진해 나갈 것"이라고 덧붙였다. 하지만 물러나겠다는 뜻은 밝히지 않아 직을 유지할 것으로 보인다.