수자원공사 사장은 공사 임원추천위원회의 추천과 기획재정부 공공기관운영위원회(공운위)의 심의 의결을 거쳐 국토교통부 장관이 제청하면 대통령이 임명한다. 임기는 3년이다.
앞서 기재부 공운위는 이 사장과 함께 이노근 전 새누리당 의원을 사장 최종 후보로 국토부 장관에게 추천했다. 그동안 내부 인사가 사장에 오른 사례가 드물어 이 전 의원이 유력하다는 관측이 많았지만 ‘낙하산 인사’ 논란 등에 대한 부담으로 수자원 분야 전문가인 이 사장이 임명됐다는 해석이 나오고 있다.