동아일보가 전국 15개 시도교육청의 혁신학교(초중고교) 현황을 분석한 결과, 재지정을 신청한 혁신학교 855곳 중 취소된 곳은 11곳으로 탈락률은 1.2%에 불과했다. 8개 시도교육청은 재지정 기준점이 아예 없었고, 7개 시도교육청은 기준점이 있으나 마나였다. 형식적인 재지정 평가가 이뤄지다 보니 2009년 경기도교육청이 처음 도입할 당시 13곳이었던 혁신학교는 10년 동안 전국 초중고교의 15%(1171곳)까지 급증했다.
혁신학교는 입시 경쟁에 매몰된 학교 수업을 바꿔 보자는 취지로 도입됐다. 체험·토론 수업 위주로 운영되는 등 교육 과정 및 학교 운영의 자율성을 갖는다. 하지만 성과에 대한 평가 없이 혁신학교 숫자 늘리기에 급급하다 보니 학생과 학부모로부터 외면받는 상황에 이르렀다. 초기 혁신학교 성공 모델은 확산되지 못 했고 그 대신 기초학력 미달 비율이 높고 ‘노는 학교’라는 인식이 퍼졌다.
실제 2016년 국가수준 학업성취도평가에서 혁신학교 고교생의 기초학력 미달 비율은 11.9%로 전국 평균(4.5%)보다 2배 이상으로 높았고, 중학생은 5%로 전국 평균(3.6%)을 웃돌았다. 최근 서울시교육청이 서울 송파구 헬리오시티 내 학교를 혁신학교로 지정하려다 거센 반발에 부딪혀 철회하기도 했다.