이른바 진보 성향 교육감의 교육정책을 대표하는 혁신학교의 비중이 같은 서울 내에서도 큰 지역별 격차를 나타냈다. 동아일보가 서울시 25개 자치구 공립초교의 혁신학교 비율을 분석한 결과에 따르면 교육특구로 불리는 강남은 최대 10%대에 불과한 반면, 그 밖의 지역에서는 50% 안팎까지 최대 13배 이상 차이 나는 것으로 조사됐다.
초등학교의 경우 학생이 혁신학교와 일반 학교를 고를 수 있는 게 아니라 사실상 거주지 주소에 따라 강제적으로 배정이 이뤄지므로 해당 지역에 혁신학교가 몰려 있는 상황이라면 학교 선택권이 제한받게 된다. 서울의 혁신초교는 서초구 4.54%, 송파구 12.5%, 강남구 19.35%인 반면, 중랑구 59.09%, 금천구 52.94%, 동작구 45% 등으로 집계됐다. 상대적으로 낙후된 환경의 학생들에게는 학교에서의 기초학력 강화가 필수적인데 놀이 중심 혁신학교가 늘어나는 것이 이들의 학력 저하로 이어진다면 심각한 문제다.
교육과정과 운영에 자율성을 주는 혁신학교는 2009년 김상곤 경기도교육감의 주도 아래 등장해 좌파 교육감의 대거 당선과 더불어 확산되면서 전국 초중고교의 약 15%를 차지한다. 양적 팽창은 이뤄졌으나 동시에 진학 기피 현상도 불거졌다. 일반 학교보다 연간 5000만 원 이상 지원받으면서도 상당수 혁신학교의 학력이 일반 학교에 비해 떨어진다는 게 학부모들의 불만이다. 실제로 2016년 국가수준 학업성취도평가에서 혁신학교의 고교생 기초학력 미달 비율은 11.9%로 전국 평균(4.5%)보다 2배 이상으로 높았다. 지난해 서울시 교육청이 송파구 헬리오시티 내 신설 예정 초·중학교를 혁신학교로 지정하려다 취소한 것이나, 올해 서울 강남 개일초 대곡초의 혁신학교 전환이 불발된 것도 학부모들의 그런 우려가 반영된 것이다.