윈도우95의 OSR2 버전부터 지원되어 윈도우98에서도 사용가능한데 FAT32로 하드디스크를 설정하려면 OSR2나 윈도우98의 시동 디스켓에 있는 fdisk를 실행하여 처음에 나오는 `대용량 하드디스크`를 사용할 것인가라는 질문에 y로 대답한다.
그런데 fdisk는 파티션을 다시 설정해주는 프로그램이므로 기존의 설치된 하드디스크의 내용을 지우지않고 FAT32로 설정할 수는 없다. FAT16으로 설치된 윈도우98을 하드디스크의 손실 없이 FAT32로 바꾸기 위해서는 윈도우98에서 제공되는 드라이브 변환기를 사용해야 한다.
윈도우98을 실행한 후 `시작 - 프로그램 - 보조프로그램 - 시스템 도구 - 드라이브 변환기`를 실행하여 선택사항을 설정하고 진행하면 FAT16의 시스템이 FAT32로 변환될 것이다.
여기에서 FAT32 시스템을 다시 FAT16으로 바꾸기 위해서는 드라이브 변환기로 할 수없고 fdisk를 다시 실행해야 한다.
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