의약분업 이후 항생제 남용을 줄이고 국민의 알권리 충족을 위해 처방전을 2매 발행하는 것이 오히려 부정적인 측면도 많다. 언론 및 정부에서 항생제가 남용된다고 선전하는 바람에 정작 꼭 항생제를 제대로 복용해야하는 환자가 처방전을 보고 항생제를 빼고 먹거나 하루에 3번 먹을 것을 2번만 먹는 경우가 다반사다. 의사도 처방전 공개로 항생제를 제용량을 주면 독한 약을 주는 병원으로 환자들에게 인식될까봐, 그리고 심사평가원에서 약 가격이 비싸면 제재를 가하겠다고 하니 총 약값을 줄이기 위해 의사들이 제 용량이하의 항생제를 주는 경우가 많다. 의사처방에 의한 항생제를 정확이 제대로 복용해야 병이 치료되고 균의 내성을 줄일텐데, 균이 죽기는커녕 오히려 내성을 더욱 조장하는 꼴이니 안타깝다.