정부조직법 15조에도 ‘국정원은 대통령 직속기관으로서 국가안전보장에 관련되는 정보·보안 및 범죄수사에 대한 사무를 담당한다’고만 돼 있을 뿐 자세한 조직과 직제는 명시돼 있지 않다. 실제로 외부에 공개된 국정원 조직과 신원은 원장(장관급)과 1∼3차장, 기획조정실장이 전부다.
과거 국가안전기획부 시절부터 현 정부 출범 이후 2009년 초까지 국정원의 조직과 임무는 주로 지역으로 구분해 이뤄졌다. 1차장은 해외, 2차장은 국내, 3차장은 북한 분야를 맡아 산하 30여 개의 실무부서와 수천 명의 요원들을 데리고 국내외와 북한 관련 정보를 수집 분석 판단하는 한편 각종 정보공작 활동을 벌여 왔다.
그러나 원세훈 현 원장이 취임한 뒤 국정원은 2009년 하반기 기존의 지역별 담당 체제의 틀을 깨는 대규모 조직 개편과 인적 쇄신을 단행했다. “모든 정보가 통합돼야 살아 있는 정보가 된다”(2009년 2월 국회 인사청문회)는 원 원장의 소신에 따른 것이다.
이에 따라 1차장은 해외는 물론이고 대북정보 수집 및 분석, 산업스파이 관련 국제범죄 정보 업무를 담당하는 것으로 알려져 있다. 2차장은 국내 정보 수집 및 분석에다 방첩과 국가보안법 위반사범 적발 등 대공수사도 맡고 있는 것으로 전해졌다. 가장 큰 변화는 3차장인데 주된 업무가 북한 분야에서 산업 및 과학정보 수집과 사이버 보안, 특수업무로 확대됐다고 한다. 갈수록 국가 간 첨단산업 기술을 둘러싼 정보전이 치열해지는 현실을 반영한 것이다. 대북공작은 군과 협조하는 방식으로 이뤄진다고 한다. 이종명 3차장은 합참 민군심리전부장 출신이다.
원 원장은 또 국정원 내부 조직 간 경쟁과 효율을 높이기 위해 연공서열을 파괴한 팀제를 도입했다. 4급 팀장 밑에서 3급 팀원이 일하게 하는 등의 인사실험도 했다고 한다. 팀제는 원 원장 취임 이전부터 추진돼온 사안이지만 성과 위주의 국정원 운용이 내부 불만과 갈등을 키웠다는 평가도 나온다.
국정원의 예산 규모는 알려져 있지 않다. 정부 자료에 나타난 특수활동비 명목의 올해 국정원 예산은 지난해보다 127억 원이 늘어난 4963억 원(예비비 3000억 원가량은 별도)이며 알려지지 않은 예산까지 포함하면 1조 원을 넘을 것으로 추산된다.
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